万方查重率与跨学科论文的特殊性，主要体现在跨学科论文的研究对象、研究方法、学科交叉等方面。跨学科论文往往涉及多个学科领域，研究内容更加复杂，因此在查重方面可能存在一定困难。此外，跨学科论文往往需要综合不同学科的理论和方法，对文献综述和理论框架的要求也更高，这也会影响到查重结果的准确性。

跨学科论文的特殊性使得万方查重率在评估这类论文时需要更加灵活和全面。在进行查重时，作者需要注意论文中引用的跨学科文献、数据和研究方法的合理性和准确性，避免因为学科交叉导致的误判。此外，作者还应该注重论文的逻辑结构和学术规范，确保跨学科论文的独特性和学术价值得以充分体现。