不同学科在撰写论文时，往往会受到学科特点的影响，导致论文的风格、用词习惯等方面存在差异。而万方查重系统是根据文本的相似度来计算查重率的，因此不同学科的论文在查重率上会有所差异。例如，理工科论文往往更加注重数据和实验结果的呈现，文字较为简练，而人文社科论文则更注重论证和文献综述，文字较为繁复。这些差异会直接影响到万方查重系统的判定结果。

此外，万方查重系统的算法也会对不同学科的论文产生影响。比如，对于公式、图表等特殊格式的处理，对于中英文混排的处理等，都会影响最终的查重结果。因此，不同学科的万方查重率差异并非简单的文本相似度计算，而是受到多方面因素综合影响的结果。研究者在使用万方查重系统时，需要充分了解不同学科的特点，以更好地理解查重率差异背后的原因。